Вищим керівним органом Придніпровського наукового центру НАН України і МОН України є Рада, до складу якої входять провідні вчені регіону, представники адміністративних органів і науково-технічної громадськості регіону. Кількісний і персональний склад Ради затверджується спільним наказом НАН України та МОН України за поданням голови Центру. Рада визначає головні пріоритети та основні напрямки діяльності Центру.